Nemətullah Naxçıvani Qaraqoyunlular ilə Ağqoyunluların hakimiyyət illərində yaşamışdır. Hər iki dövrdə də qızğın müharibələr olmuş və bu səbəblə də Nemətullah Naxçıvani, Naxıvandan Uzun Həsənin tabeçiliyində olan Təbriz şəhərinə gələrək burada yaşamışdır.
O, Uzun Həsəndən sonra Sultan Yaqubun dövründə onun elmə göstərdiyi qayğı nəticəsində təfsirini burada Təbrizdə tamamlamışdır.
Nemətullah Naxçıvani Sultan Yaqubdan sonra Təbrizdəki çaxnaşma və konfliktlər nəticəsində oranı tərk edərək Anadoluya gəlmişdir. Naxçıvani Ağşəhərdə 15 il qalmış və 2-ci Bəyazid dövründə 1514-cu ildə vəfat etmişdi.
Sultan Bəyazidin zamanında (1481-1512) Anadoluya getmiş, Karaman vilayətinin Akşehir şəhərində yaşamış, şöhrət tapmışdır. Akşehirlilər arasında Şeyx Əlva, Nemətullah Naxçıvani, Baba Nemətullah, Baba Nemət və Nemətullah Sultan kimi adlarla xatırlanan bu böyük Türk-İslam alimi və vəlisi, zamanındakı alim və vəlilərin ən fəzilətlilərindən biri hesab olunurdu. Akşehirdə uzun illər elmə xidmət etmiş və çox sayda müridi olmuşdur.
Nemətullah Naxçıvani təfsir elmində təsəvvüfi təfsirlər arasında mühüm bir yerə sahib olan “əl-Fəvatihül-İlahiyyə vəl Məfatihül-Qeybiyyə” adlı əsərin müəllifidir. O, bu təfsiri daha öncə yazılmış təfsirlərə müraciət etmədən, öz biliyi əsasında yazması ilə məşhur olmuşdur.
“Fəvatih-ul-İlahiyyə” adlı təfsirinin öz əlyazısıyla olan nüsxəsi Topqapı sarayında III Əhməd Xan kitabxanasında saxlanılır. Həmin təfsir 1908-ci ildə, Mətbey-i Osmaniyyədə iki cild halında çap olunmuşdur.
Nemətullah Naxçıvaninin bu əsəri o qədər diqqəti cəlb etmişdir ki, XIX əsrdə İstanbul üləması aralarında pul toplayaraq bu əsəri (əl-Fəvatihül-İlahiyyə vəl Məfatihül-Qeybiyyə) nəşr etdirmişdir.
Nemətullah Naxçıvani haqqında mənbələrdə az məlumatın olması onunla əlaqədardır ki, o öz düvründə digər mənsəbpərəst alim- lər kimi şan-şöhrətə can atmamış, özünü gizli tutmağa çalışmışdır. Məhz Naxçıvani əsərlərində rüşvət qarşılığında dini ehkamları heçə sayaraq insanlara fətva verən və dunyəvi mənfəətlər arxasında qaçan alimləri tənqid atəşinə tutmuşdur.
Naxçıvani 1514-cü ildə Akşehirdə vəfat etmişdir. Türbəsi bir neçə dəfə təmir olunmuşdur. Qəbri akşehirlilərin ən çox ziyarət etdikləri yerlərdən biridir. Əsasən də ziyarətçilər hər il may ayının 4-5-ində – Xıdırəlləz bayramı günlərində məzarın ətrafında toplaşaraq, dualar, diləklər edirlər.
Hazırda Türkiyənin Konya ilindəki Akşehir şəhərində bir küçəyə onun adı verilib; şəhər mərkəzində isə Nemətullah Naxçıvani adını daşıyan məscid və orta məktəb fəaliyyət göstərir.
